در مقطع دکتری دانشگاه محقق اردبیلی برای سال90، تعداد 26 رشته ایجاد شده که 24 رشته از این تعداد از سال 89 تاکنون دایر شده است. لیست رشته های ایجاد شده در مقطع دکتری دانشگاه محقق اردبیلی به شرح زیر می باشد: الف: مجموعه جغرافیا: 1)برنامه ریزی شهری 2)ژئومورفولوزی 3)اقلیم شناسی ب: مجموعه تاریخ: 4) پیش از تاریخ 5) دوران تاریخی 6) دوران اسلامی ج: مجموعه روان شناسی: 7) روان شناسی عمومی د: مجموعه شیمی: 8) شیمی آلی ه: مجموعه ریاضی: 9) جبر 10) هندسه 11) آنالیز 12) معادلات دیفرانسیل 13) آنالیز عددی ر: مجموعه عمران: 14) سازه ز: مجموعه مهندسی برق: 15)تبدیل انرژی 16)قدرت ط: مجموعه کشاورزی: 17) مکانیک ماشین های کشاورزی 18) ژنتیک بیومتری 19) ژنتیک 20) زراعت/علفهای هرز 21 )فیزیولوژی گیاهان زراعی 22) اکولوژی گیاهان زراعی 23) حشره شناسی کشاوری 24) علوم مرتع س: مجموعه ادبیات 25) زبان و ادبیات فارسی ش: مجموعه تربیت بدنی 26) فیزیولوژی ورزشی