رؤسای دانشگاه محقق اردبیلی از آغاز تاسیس تاکنون:

---

  

 ـ دکتر قدیر نوری قنبلانی (اسفند ۱۳۷۰ تا بهمن ۱۳۷۲) به عنوان رئیس مجتمع آموزش عالی

---

 

 
ـ دکتر رضا مستقیم (بهمن ۱۳۷۲ تا تیر ۱۳۷۶)

---

  

 
ـ دکتر سید احمد میرشکرایی (تیر ۱۳۷۶ تا مرداد ۱۳۷۷)

---

  

 
ـ دکتر کاظم قاسمی گلعذانی (مرداد ۱۳۷۷ تا تیر ۱۳۸۴)

---

  
ـ دکتر عزیز حبیبی ینگجه (تیر ۱۳۸۴ تا بهمن ۱۳۸۸)

---

  

 
ـ دکتر مسعود گنجی (بهمن ۱۳۸۸ تا فروردین ۱۳۹۳)
 

---

- دکتر گودرز صادقی هشجین (فروردین ۱۳۹۳ تا اردیبهشت ۱۳۹۷)

---

- دکتر عزیز حبیبی ینگجه (اردیبهشت ۱۳۹۷ تا تیر ۱۴۰۱)