دانشگاه محقق اردبیلی در سال 1357 با نام آموزشکده کشاورزی ( وابسته به دانشگاه تبریز ) و با پذیرش 30 نفر دانشجو در رشته کشاورزی عمومی فعالیتهای آموزشی خود را آغاز نمود این مرکز آموزش عالی در سال 1371 از دانشگاه تبریز منتزع و مدتی به صورت مجتمع آموزش عالی به فعالیت خود ادامه داده و در سال 1375 با تبدیل آن به دانشگاه تحت عنوان دانشگاه محقق اردبیلی موافقت بعمل آمد . با این حال، تا سال 1378 در ساختار تشکیلاتی این دانشگاه فقط شش گروه آموزشی مصوب تحت عناوین زراعت و اصلاح نباتات، ماشین آلات کشاورزی ، امور دامی،عمران،معماری و معارف اسلامی وجود داشت و هیج دانشکده ای در ساختار سازمانی دانشگاه پیش بینی نشده بود. پس از اخذ مجوز قطعی از شورای گسترش آموزش عالی برای تاسیس دانشکده علوم ( در سال 1376 )، دانشکده کشاورزی ( در سال 1377 )، دانشکده فنی ( در سال 1378 ) آموزشکده کشاورزی مغان ( در سال 1378 ) و موافقت اصولی برای تاسیس دانشکده ادبیات و علوم انسانی ( در سال 1378 )، با پی گیری مسئولین دانشگاه ساختار دانشگاه محقق اردبیلی توسعه پیدا نمود و نمودار سازمانی جدید با لحاظ دانشکده ها و همچنین افزایش تعداد معاونت ها و مدیریت ها و گروههای آموزشی در تاریخ 9/11/1378 ابلاغ گردید.